개인사업자 2026 연말정산, 2027년 5월 종합소득세 신고하기

개인사업자의 2026년 사업소득은 회사에서 2026 연말정산을 하지 않습니다. 본인이 2027년 5월 종합소득세 확정신고로 정산합니다. 직원이 있다면 직원의 근로소득은 별도로 2027년 2월분 급여 때 정산해야 합니다.

개인사업자 2026 연말정산 핵심 요약

개인사업자 2026 연말정산 대신 2027년 5월에 신고

사업소득 신고 대상과 기한

‘개인사업자 연말정산’을 찾는 경우에도 사장 본인의 사업소득에는 회사가 해 주는 2026 연말정산이 없습니다. 1인 사업자와 직원을 둔 사장 모두 2026년에 번 사업소득을 직접 종합소득세로 신고합니다. 적자이거나 과세표준이 없어도 신고 대상입니다.

• 일반 신고: 2027년 5월 1일(토)~5월 31일(월)
• 성실신고확인서 제출자: 2027년 6월 30일(수)까지
• 2026년 중 폐업한 사람: 폐업 전까지 번 소득을 2027년 5월에 신고
• 사업자등록을 하지 않은 3.3% 프리랜서: 같은 5월 종합소득세 신고 대상

다만 직전 과세기간 수입금액이 7,500만원 미만이고 다른 소득이 없는 보험모집인·방문판매원·계약배달 판매원은 소속 회사가 2월분 사업소득을 지급할 때 정산합니다. 이 소득만 있다면 5월 확정신고를 하지 않아도 됩니다.

홈택스 종합소득세 신고 순서

1. 2027년 5월 홈택스에서 종합소득세 신고서를 엽니다.
2. 2026년 사업소득과 다른 소득이 있다면 함께 입력합니다.
3. 인적공제 등 적용 가능한 공제와 이미 낸 세금을 반영합니다.
4. 납부·환급 세액과 환급계좌를 확인한 뒤 신고서를 제출합니다.

개인사업자가 받을 수 있는 공제

사업소득에도 적용되는 공제

• 인적공제: 본인과 요건을 충족한 부양가족의 기본·추가공제
• 연금보험료공제: 국민연금 등 납입액
• 노란우산: 사업소득금액에 따라 납입액 공제 한도 200만~600만원
• 연금계좌세액공제: 연금저축 연 600만원, IRP를 포함한 퇴직연금 합산 연 900만원 한도
• 자녀세액공제: 2026년 귀속 9세 이상 자녀·손자녀 1명 25만원, 2명 55만원, 3명 이상은 55만원에 2명 초과 인원당 40만원 추가
• 표준세액공제: 근로소득이 없으면 연 7만원, 성실사업자는 연 12만원. 특별세액공제 금액과 비교해 큰 쪽만 적용

노란우산 납입액 공제 한도는 사업소득금액 4천만원 이하 600만원, 4천만원 초과~6천만원 이하 500만원, 6천만원 초과~1억원 이하 400만원, 1억원 초과 200만원입니다. 연금계좌세액공제율은 12%이며, 종합소득금액이 4,500만원 이하이면 15%입니다.

사업소득만 있는 사람의 기부금은 세액공제 대신 필요경비로 반영합니다. 교회 헌금 등 일반기부금도 같습니다. 근로소득 등 다른 소득이 함께 있다면 필요경비로 넣지 않은 기부금은 세액공제를 받습니다.

근로소득이 있어야 적용되는 공제와 예외

사업소득만 있다면 신용카드 등 사용금액 소득공제, 건강보험료·고용보험료 등의 특별소득공제, 보장성보험료·의료비·교육비 세액공제는 일반적으로 적용되지 않습니다.

의료비·교육비는 요건을 갖춘 성실사업자 또는 성실신고확인서를 제출한 성실신고확인대상사업자에게 예외가 있습니다. 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 낸 적격 금액에 공제율 15%를 적용하며, 의료비 중 미숙아·선천성이상아는 20%, 난임은 30%입니다. 성실사업자는 가맹점 가입, 장부 신고, 사업용계좌 사용과 계속 사업기간·수입금액·결격 사유 등의 추가 요건도 충족해야 합니다.

이 요건을 충족한 사업자는 종합소득금액이 7천만원 이하일 때 연 1천만원 한도의 월세액에 15%, 4,500만원 이하일 때 17% 공제를 받을 수 있습니다.

부양가족을 신고서에 올리는 방법

부양가족 기본공제 기준

기본공제는 요건을 충족한 가족 1명당 150만원입니다. 가족의 연간 소득금액 합계가 100만원 이하여야 하며, 근로소득만 있다면 총급여 500만원 이하 기준을 씁니다. 비과세·분리과세 소득은 이 판단에서 제외합니다.

• 배우자: 나이 제한 없음
• 부모 등 직계존속: 60세 이상, 1966년 12월 31일 이전 출생
• 자녀 등 직계비속: 20세 이하, 2006년 1월 1일 이후 출생
• 형제자매: 60세 이상 또는 20세 이하
• 장애인: 나이 제한 없음

가족이 개인사업자라면 매출이 아니라 사업소득금액인 수입금액에서 필요경비를 뺀 금액으로 100만원 기준을 판단합니다. 같은 가족을 두 사람이 중복해 올릴 수 없습니다.

인적공제대상자 명세 입력

1. 2027년 5월 종합소득세 신고서의 인적공제 항목을 엽니다.
2. 「인적공제대상자 명세」에 해당 가족을 등록합니다.
3. 소득·나이 요건과 다른 사람의 중복 공제 여부를 확인합니다.

사장 본인의 사업소득 신고를 위해 가족 서류를 회사에 낼 필요는 없습니다. 배우자가 직장인이고 개인사업자인 본인을 배우자공제로 올리려면 본인의 사업소득금액과 다른 소득의 합계가 100만원 이하여야 합니다. 1~2월에 금액을 알기 어렵다면 회사 신고에서는 빼 두고, 5월에 요건을 확인한 뒤 직장인 배우자가 직접 신고해 공제받을 수 있습니다.

간소화 자료를 확인하고 신고에 쓰는 방법

간소화 자료 조회와 직접 입력

1. 2027년 1월 간소화 서비스가 열리면 홈택스 「장려금·연말정산·기부금 → 연말정산간소화 → 소득·세액공제 자료 조회」에 접속합니다.
2. 노란우산, 연금저축·퇴직연금, 기부금 영수증 등 본인에게 적용되는 금액을 확인합니다.
3. 2027년 5월 종합소득세 일반신고서의 해당 항목에 직접 입력합니다.

간소화 자료가 사업소득 신고서로 그대로 불러와지는 것은 아닙니다. 사업소득만 있다면 카드 사용금액과 보장성보험료 자료는 해당 근로소득 공제에 쓸 수 없습니다. 전자기부금 외 기부금이나 일부 월세 자료처럼 조회되지 않는 증빙은 발급처에서 받아야 합니다. 간소화는 해마다 1월 15일 무렵 열립니다.

부양가족 자료제공 동의

성년 가족의 자료를 조회하려면 그 가족이 직접 제공에 동의해야 합니다.

1. 가족 본인이 홈택스 「장려금·연말정산·기부금 → 연말정산간소화 → 부양가족 자료제공동의 신청/조회/취소」를 엽니다.
2. 본인인증 신청으로 동의합니다.
3. 미성년 자녀의 자료는 부모가 「미성년자녀 신청」으로 조회 신청합니다.

종합소득세 환급액과 입금 시기

환급액 계산 기준

미리 낸 세금이 최종 세액보다 많을 때만 차액을 환급받습니다. 정해진 환급액은 없습니다. 종합소득금액에서 소득공제를 뺀 과세표준에 세율 6~45%를 적용하고, 세액공제·감면과 가산세를 반영한 뒤 기납부세액을 뺍니다.

기납부세액에는 중간예납세액과 3.3% 프리랜서 원천징수세액 등이 포함됩니다. 2026년 중간예납으로 낸 금액도 2027년 5월 신고에서 차감합니다. 원천징수나 중간예납으로 미리 낸 세금이 전혀 없다면 돌려받을 기납부세액도 없습니다.

환급계좌 입력과 지급 조회

1. 신고서 「세액계산」 화면에서 환급계좌를 입력·확인합니다.
2. 신고 마감 후 홈택스 「납부·고지·환급 → 환급 → 환급금 상세조회」에서 진행 상태를 조회합니다.

소득세 환급은 신고 마감 약 한 달 뒤인 2027년 6월 말~7월 초, 지방소득세 환급은 그 후 약 4주 이내가 안내 기준입니다. 기한 안에 신고서를 다시 제출하면 최종 제출분이 반영됩니다.

직장과 사업을 겸하면 두 소득을 합산 신고

회사는 2027년 2월분 급여 때 근로소득만 2026 연말정산합니다. 사업소득이 있는 직장인은 2027년 5월에 근로소득과 사업소득을 합산해 종합소득세를 신고합니다. 회사의 결정세액, 사업소득 원천징수세액, 중간예납세액은 기납부세액에 반영합니다. 합산 결과 추가 납부가 나올 수도 있습니다.

근로소득이 있는 기간의 적격 카드·의료비·교육비 지출은 해당 공제를 받습니다. 카드 사용액 중 사업 경비로 처리한 금액과 입사 전·퇴사 후 지출은 근로소득 카드공제에서 제외합니다. 사업자등록 전에 쓴 카드라도 당시 근로자였고 근로 기간의 지출이며 사업 경비로 처리하지 않았다면 공제 대상입니다.

직원이 있는 사장의 2026 연말정산 업무

직원 소득 정산과 제출 순서

1. 직원의 2027년 2월분 급여 지급 전까지 소득·세액공제신고서와 증명서류를 받습니다.
2. 2월분 급여 때 직원의 결정세액에서 이미 원천징수한 세금을 빼 환급액 또는 추가 징수액을 계산합니다.
3. 2027년 2월 말일까지 직원에게 근로소득 원천징수영수증을 발급합니다.
4. 2027년 3월 10일(수)까지 원천징수이행상황신고서로 원천세를 신고·납부합니다.
5. 같은 날까지 근로소득 지급명세서를 제출합니다.

직원에게 돌려줄 세금이 그달 원천세보다 많으면 먼저 직원에게 환급하고, 초과분은 이후 납부할 소득세에서 조정하거나 원천징수세액환급신청서를 제출해 환급받습니다. 사장 본인의 사업소득은 직원 정산에 넣지 않고 2027년 5월에 따로 신고합니다.

직원이 공제 자료를 내지 않거나 중도퇴사한 경우

직원이 공제 자료를 내지 않으면 직원 본인의 기본공제와 표준세액공제 13만원만 반영해 정산합니다. 직원은 빠진 공제를 2027년 5월 종합소득세 신고나 경정청구로 직접 받을 수 있습니다.

중도퇴사자는 퇴직하는 달 급여를 지급할 때 정산합니다. 원천징수영수증은 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 발급하고, 2026년 퇴사자의 지급명세서는 2027년 3월 10일까지 제출합니다.

자주 묻는 질문

3.3%를 뗀 프리랜서도 2027년 5월에 신고하나요?

네. 사업자등록이 없어도 2026년 프리랜서 소득은 종합소득세 신고 대상입니다. 미리 뗀 3% 소득세와 0.3% 지방소득세는 신고 때 반영합니다.

2026년 중 폐업했으면 2026 연말정산을 하나요?

폐업 전까지 번 사업소득을 2027년 5월 종합소득세로 신고합니다. 납부할 세금이 없어도 신고 대상입니다.

직장인 배우자가 개인사업자인 저를 배우자공제로 올릴 수 있나요?

본인의 사업소득금액과 다른 소득의 합계가 연 100만원 이하라면 가능합니다. 사업소득금액은 매출에서 필요경비를 뺀 금액입니다.

사업자등록 전에 쓴 카드도 공제되나요?

당시 근로자였다면 근로 기간의 지출 중 사업 경비로 처리하지 않은 금액은 근로소득 카드공제를 받습니다. 사업소득만 있다면 카드 사용금액 소득공제는 적용되지 않습니다.

직원이 사장에게 의료비 자료를 보이지 않고 공제받을 수 있나요?

회사에 해당 자료를 내지 않고 2027년 5월 근로소득 신고나 경정청구로 직접 공제받을 수 있습니다. 회사에 제출하지 않은 항목은 회사의 2026 연말정산에 반영되지 않습니다.

사장 본인의 공제와 기납부세액을 확인해 2027년 5월 신고서를 제출하세요. 직원을 둔 사업장은 그보다 먼저 직원의 2026 연말정산과 3월 제출 업무를 처리해야 합니다.

출처

• 국세청 — 종합소득세 개요
• 국가법령정보센터 — 소득세법 제70조
• 국가법령정보센터 — 조세특례제한법 제122조의3
• 국가법령정보센터 — 소득세법 제59조의4
• 국세상담센터 — 연간소득금액 100만원 기준
• 국세청 — 간소화 서비스 안내 보도자료
• 국세청 — 세액계산 흐름도
• 국세상담센터 — 환급 시기·계좌 안내
• 국가법령정보센터 — 소득세법 제137조
• 국가법령정보센터 — 소득세법 제164조