2026 연말정산 난임 공제방법은 2026년에 직접 부담한 시험관·인공수정 비용을 일반 의료비와 나눠 30% 세액공제로 입력하는 것입니다. 의료비 전체 지출액 중 총급여의 3%를 넘는 금액부터 공제되므로, 결제액 전부에 곧바로 30%를 곱하지는 않습니다.
2026 연말정산 난임 공제방법 핵심 요약
난임시술비 공제율은 30%이고 공제 대상 금액의 별도 한도는 없습니다. 의료비가 총급여의 3%를 넘어야 하며, 간소화에 섞인 시술비는 병원 서류로 구분해 입력합니다.
난임시술비 30% 공제액 계산
공제율·한도와 총급여 3% 문턱
난임시술비 세액공제율은 30%로, 일반 의료비 15%보다 높습니다. 난임시술비 공제 대상 금액에는 별도 한도가 없지만, 해당 연도 의료비 전체가 총급여의 3%를 넘어야 합니다.
3% 문턱은 일반 부양가족 의료비, 본인 등의 의료비, 미숙아·선천성이상아 의료비, 난임시술비 순으로 차감합니다. 앞 항목으로 문턱을 채우지 못한 금액만 난임시술비에서 뺍니다.
| 2026년 의료비 지출 | 세액공제 계산 |
|---|---|
| 난임시술비 500만원만 지출 | (500만원 − 150만원) × 30% = 105만원 |
| 본인 일반 의료비 100만원 + 난임시술비 500만원 | (500만원 − 50만원) × 30% = 135만원 |
| 본인 일반 의료비 200만원 + 난임시술비 500만원 | 50만원 × 15% + 500만원 × 30% = 157만5천원 |
첫째 경우의 난임시술비를 전부 일반 의료비 15%로 처리하면 공제액은 52만5천원입니다. 다만 계산한 세액공제액이 산출세액을 넘으면 초과분은 적용되지 않고 다음 해로 이월되지 않습니다.
의료비 지출액에서 총급여 3% 문턱을 먼저 적용한 뒤, 남은 난임시술비에 30%를 곱합니다. 실제 적용액은 산출세액 범위 안에서 결정됩니다.
2026 연말정산 난임 공제방법: 일반 의료비와 나눠 입력
간소화 의료비에서 난임시술비 분리
2026 연말정산 난임 공제방법에서 가장 중요한 입력 작업은 간소화 의료비에 섞인 난임시술비를 따로 분류하는 것입니다. 국세청 간소화 자료는 난임시술비를 별도 구분해 수집하지 않습니다.
- 홈택스 연말정산간소화에서 의료비 내역과 합계를 조회합니다.
- 병원·약국에서 난임시술분을 확인할 수 있는 영수증을 받습니다.
- 간소화 금액에 포함된 시술비는 국세청 자료에서 차감합니다.
- 편리한 연말정산의 ‘공제항목별 지출명세 작성 → 의료비 → 기타자료 자료추가’에서 공제항목 ‘난임시술비’를 선택해 입력합니다.
30% 공제에 필요한 병원·약국 서류
- 병원 시술비: 난임시술비 금액을 구분할 수 있는 의료기관 발급 영수증 등
- 처방 약제비: 난임시술 관련 처방 의약품임을 확인할 수 있는 약국 영수증
- 진료 내역이 섞인 경우: 병원에서 난임시술분을 따로 구분해 발급한 서류
간소화 PDF만 제출하면 난임시술비가 일반 의료비 15%로 처리됩니다. 보건소 지원결정통지서는 시술비 금액 영수증이 아니므로 병원 서류를 받으세요. 약국 비용이 간소화에 없으면 약국에서 영수증을 직접 받아야 하며, 신용카드·현금영수증 증명만으로 의료비 증빙을 대신할 수 없습니다.
회사에 종이 서류나 자체 시스템으로 낸다면 의료비지급명세서의 ⑬ ‘난임시술비 해당 여부’에 ○를 표시합니다. 간소화 자료와 병원·약국 계산서에 같은 금액을 중복 기재하지 마세요.
간소화에 포함된 난임시술비를 일반 의료비에서 빼고, 병원·약국 서류로 확인한 금액을 난임시술비 항목에 한 번만 입력합니다.
시험관·인공수정 비용의 공제 범위
30%가 적용되는 시술과 약값
- 시험관: 난자·정자 채취, 체외 수정·배양, 배아 이식에 해당하는 체외수정 배아이식술
- 인공수정: 자궁내 정자주입 시술
- 처방 약값: 해당 난임시술과 관련해 처방받은 의약품 구입비
시술 과정의 검사비는 병원이 난임시술분으로 구분해 준 금액을 30% 항목에 넣습니다. 시술과 무관한 검사·건강진단비, 처방 없이 산 치료 목적 의약품, 한의원 치료비와 치료 목적 한약은 일반 의료비 15% 대상입니다. 건강기능식품·건강증진용 보약은 의료비 공제 대상이 아니며, 시술 계획 없는 난자 동결에는 난임시술비 30% 근거가 없습니다.
지원금·실손보험금을 받은 경우
공제할 수 있는 금액은 근로자가 직접 부담한 시술비입니다. 정부·지자체 지원금으로 충당한 금액과 돌려받은 실손보험금은 빼고 입력합니다. 실손보험을 청구했더라도 돌려받지 않은 본인 부담분에는 공제를 적용할 수 있습니다.
실손보험금 차감 내역을 더 자세히 확인하려면 2026 연말정산 의료비 실손보험금 차감 안내를 참고하세요.
시험관·인공수정과 관련 처방 약값은 30% 대상입니다. 지원금과 수령한 실손보험금을 제외한 직접 부담액만 입력합니다.
부부 중 공제받을 사람과 혼인 전 비용
실제 결제한 근로자가 공제
배우자를 위해 시술비를 낸 근로자는 배우자에게 소득이 있어도 자신이 낸 금액을 공제받을 수 있습니다. 시술을 받은 사람을 기준으로 부부가 비용을 합산하거나, 이미 결제한 비용을 다른 배우자의 지출로 옮길 수는 없습니다. 맞벌이라면 결제자와 총급여 3% 문턱을 함께 보고 공제액을 계산하세요.
부모 등 다른 가족이 대신 낸 시술비는 부부가 직접 부담한 금액이 아닙니다.
혼인신고 전 상대방 비용
혼인신고 전에 상대방을 위해 지출한 의료비는 나중에 결혼해도 배우자 의료비로 공제받을 수 없습니다. 2026년 12월 31일까지 혼인신고를 마쳤더라도 배우자 관련 공제는 혼인 후 지출분에 적용합니다.
사실혼 상대방은 법률상 배우자가 아니므로 상대의 시술비를 공제받을 수 없습니다. 근로소득이 있는 사람이 자기 시술비를 자기 돈으로 냈다면 본인 의료비로 공제할 수 있습니다.
법률상 배우자의 시술비는 실제로 결제한 근로자가 공제합니다. 혼인 전 상대방 지출분과 사실혼 상대방 비용은 배우자 의료비로 옮길 수 없습니다.
회사에 알리지 않고 난임시술비 신고
회사 제출에서 빼고 2027년 5월에 신고
회사에 난임시술비를 알리고 싶지 않다면 2026 연말정산의 회사 제출 자료에서 해당 비용을 빼고, 2027년 5월 1~31일 종합소득세 신고에 직접 반영할 수 있습니다. 적용 공제율은 30%로 같습니다. 회사에 30% 항목으로 제출하면 의료비지급명세서의 병원 상호·금액·⑬ 표시와 증빙서류가 회사에 전달됩니다.
회사가 간소화 자료 일괄제공을 이용한다면 동의 전에 홈택스 ‘장려금·연말정산·기부금 → 연말정산간소화 → 소득·세액공제 자료 삭제 신청’에서 의료비 전체, 병원·약국별 또는 건별 자료를 삭제할 수 있습니다. 삭제한 자료는 취소·복구되지 않으므로 나중에 신고할 때 필요하면 발급기관에서 다시 받아야 합니다.
5월 근로소득 정기신고 순서
- 홈택스 ‘세금신고 → 종합소득세 신고 → 근로소득 신고 → 정기신고’로 들어갑니다.
- 주민등록번호를 조회하고 ‘연말정산불러오기’로 급여·공제 자료를 가져옵니다.
- ‘62.의료비’의 ‘계산하기’에서 누락된 난임시술비를 입력하고 적용합니다.
- 병원이 구분해 발급한 서류를 부속서류로 내고 신고서를 제출합니다.
회사에서 이미 반영한 비용은 불러온 자료에 있으므로 누락분만 더합니다. 일반 의료비 15%로 처리한 시술비를 30%로 고칠 때는 일반 의료비에서 해당 금액을 빼고 난임시술비로 옮깁니다. 원천징수영수증 ‘73.결정세액’이 0원이면 추가 공제를 입력해도 돌려받을 세금이 없습니다.
회사 제출에서 난임시술비를 제외하고 2027년 5월 근로소득 정기신고에 직접 입력합니다. 일괄제공 자료를 삭제했다면 병원·약국 서류를 다시 확보해야 합니다.
놓친 시술비를 5월 신고·경정청구로 받기
2026년 지출분과 이전 연도 누락분
의료비 공제는 진료일이 아니라 실제 지출한 연도를 기준으로 합니다. 2026년 12월에 진료받고 2027년 1월에 결제했다면 2027년 지출분입니다. 2026년에 결제했다면 영수증을 2027년에 받아도 2026년 지출분으로 신고합니다.
2026년 지출분을 회사 제출에서 놓쳤다면 2027년 5월 정기신고에 넣거나, 이후 2032년 3월 10일까지 경정청구할 수 있습니다. 이전 연도 지출분은 해당 연도 자료를 고쳐 청구하며, 2025년 귀속분의 경정청구 기한은 2031년 3월 10일입니다.
경정청구 입력 순서
- 홈택스 ‘근로소득 신고 → 경정청구’에서 대상 연도를 선택하고 조회합니다.
- 빠뜨린 난임시술비를 입력합니다. 일반 의료비로 넣었던 금액이면 그 항목에서 먼저 뺍니다.
- 시술비 구분 서류를 첨부하고 제출합니다.
회사에서 2026 연말정산만 한 경우에는 다음 해 3월 10일 이후 5년 이내 경정청구할 수 있습니다. 연도별 기한은 2026 연말정산 경정청구 기간 안내를 참고하세요.
결제한 연도로 신고합니다. 2026년 지출분은 2027년 5월 정기신고에 넣거나, 그 뒤 2032년 3월 10일까지 경정청구할 수 있습니다.
자주 묻는 질문
시험관 비용 500만원을 냈다면 150만원을 공제받나요?
총급여 5천만원이고 다른 의료비가 없다면 3% 문턱인 150만원을 뺀 350만원에 30%를 적용해 세액공제액은 105만원입니다. 실제 적용액은 산출세액을 넘을 수 없습니다.
시험관 약값도 30% 공제 대상인가요?
난임시술과 관련해 처방받은 의약품 구입비는 30% 대상입니다. 약국 영수증으로 금액을 확인해 일반 의료비와 구분해 입력하세요.
간소화에 난임시술비 표시가 없으면 공제를 못 받나요?
간소화는 난임시술비를 따로 표시하지 않습니다. 병원에서 시술비를 구분한 서류를 받아 일반 의료비에서 해당 금액을 빼고 난임시술비 항목에 입력할 수 있습니다.
배우자가 시술받고 제가 결제했다면 누가 공제받나요?
법률상 배우자의 시술비를 직접 낸 근로자가 공제받습니다. 배우자에게 소득이 있어도 결제한 사람이 공제할 수 있습니다.
회사에 서류를 내지 않고 난임시술비를 공제받을 수 있나요?
회사 제출에서 해당 비용을 제외하고 2027년 5월 종합소득세 신고에 직접 넣을 수 있습니다. 병원이 발급한 시술비 구분 서류는 신고할 때 제출합니다.
먼저 간소화 의료비와 병원·약국 영수증의 금액을 맞춘 뒤, 지원금·실손보험금을 뺀 난임시술비를 별도 항목에 입력하세요. 회사 제출을 건너뛴 비용은 2027년 5월 신고에서 반영할 수 있습니다.
출처
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제59조의4
- 국가법령정보센터 — 소득세법 시행령 제118조의5
- 국가법령정보센터 — 모자보건법 시행규칙 제1조의2
- 국세청 — 연말정산 주요 공제 항목별 계산사례
- 국세청 — 세법, 편리한 연말정산 Q&A
- 국세청 — 간소화, 일괄제공 Q&A
- 국가법령정보센터 — 의료비지급명세서 별지 제43호서식
- 국세상담센터 — 자주묻는Q&A 근로소득자 신고서
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 제45조의2